Dalam menjalankan mandat tersebut, utamanya untuk mewujudkan akses ke keadilan dan pemulihan bagi perempuan korban kekerasan, sejak 2003 Komnas Perempuan mengembangkan konsep Sistem Peradilan Pidana Terpadu Penanganan Kasus Kekerasan Terhadap Perempuan (SPPT-PKKTP), yang selanjutnya diujicobakan sejak 2011 di tingkat nasional melalui Kesepakatan Bersama Akses Keadilan bagi Perempuan Korban Kekerasan.

Konsep SPPT-PKKTP merupakan konsep sistem yang membangun sinergi antara penanganan perkara kekerasan terhadap perempuan yang dilakukan oleh subsistem Sistem Peradilan Pidana sejak tahap pelaporan, penyidikan, penuntutan, pemeriksaan di pengadilan, hingga eksekusi putusan pidana dengan sistem pemulihan korban yang melibatkan dimensi layanan medis, psikologis, sosial, dan dimensi lain yang dibutuhkan perempuan korban untuk pulih.