Laporan pemantauan Komnas Perempuan berjudul "Atas Nama Otonomi Daerah: Pelembagaan Diskriminasi di Indonesia" mendokumentasikan pelanggaran hak-hak konstitusional warga negara, khususnya perempuan dan kelompok minoritas, dalam pelaksanaan otonomi daerah. Pemantauan ini mencatat sebanyak 154 kebijakan daerah diskriminatif meliputi Peraturan Daerah, Keputusan, dan Surat Edaran Kepala Daerah yang diterbitkan di 69 kabupaten/kota pada 21 provinsi sepanjang kurun waktu 1999 hingga 2009. Terbitnya Perda bermasalah ini menunjukkan adanya kegagalan sistemik dalam pengawasan regulasi daerah yang memanfaatkan isu moralitas dan keagamaan demi politik citra elit lokal.
Secara substansi, kebijakan diskriminatif tersebut terbagi ke dalam beberapa kategori utama. Sebanyak 63 kebijakan berdampak langsung mendiskriminasi perempuan, mencakup 21 aturan kontrol tubuh melalui pemaksaan busana, 37 aturan kriminalisasi perempuan melalui larangan prostitusi berdefinisi ambigu, 1 Qanun larangan khalwat di Aceh, serta 4 aturan pekerja migran yang membatasi hak atas perlindungan kerja. Selain itu, terdapat 82 aturan yang mengatur kehidupan beragama, sebuah wewenang yang seharusnya berada di bawah otoritas pemerintah pusat serta 9 aturan yang membatasi kebebasan beragama jemaat Ahmadiyah. Wilayah dengan konsentrasi Perda diskriminatif terbanyak tercatat di Jawa Barat (35 kebijakan), Sumatera Barat (26), Kalimantan Selatan (17), Sulawesi Selatan (16), Nusa Tenggara Barat (13), dan Jawa Timur (11). Implementasi aturan-aturan ini di lapangan memicu berbagai pelanggaran HAM, seperti penangkapan sewenang-wenang oleh Satpol PP atau Wilayatul Hisbah, pembatasan ruang gerak perempuan, stigmatisasi sosial, hingga tergerusnya kepastian dan kewibawaan hukum nasional.
Sebagai langkah penyelesaian, Komnas Perempuan menyampaikan 20 rekomendasi strategis bagi pemerintah pusat dan daerah. Rekomendasi utama mendesak Presiden Republik Indonesia untuk membatalkan seluruh Perda diskriminatif dan Perda yang mengatur masalah keagamaan karena bertentangan dengan jaminan hak konstitusional warga. Selain itu, Mahkamah Agung didesak untuk lebih responsif dalam melakukan uji materiil (judicial review) terhadap isi dan dampak Perda bermasalah, sementara DPR dan DPRD diminta membuka ruang partisipasi publik yang demokratis dalam pembentukan hukum. Pemerintah juga diharapkan memperkuat peran kementerian terkait dalam pengarusutamaan gender serta pencegahan regulasi yang diskriminatif.
