Kebenaran tentang rangkaian peristiwa September 1965 masih terselubung, dan berada di luar jangkuan laporan ini. Namun, Komnas Perempuan dapat menyatakan bahwa versi resmi dari kejadian 1965 tidak menggambarkan gelombang kekerasan yang dikerahkan oleh aparat negara, sesudah pembunuhan tujuh perwira tinggi TNI pada 30 September 1965. Kebisuan ini, yang terus berlanjut sampai sekarang, merupakan sebuah penyangkalan resmi yang menjadi akar masalah dari diskriminasi dan persekusi yang berlanjut terhadap korban. Pada masa Peristiwa 1965, anggota Gerwani dan perempuan-perempuan lainnya yang dianggap berafiliasi dengan PKI, menjadi sasaran kejahatan sistematis, antara lain, pembunuhan, penghilangan paksa, penahanan sewenang-wenang, penyiksaan, dan kekerasan seksual. Komnas Perempuan percaya bahwa Gerwani menjadi target sebuah propaganda hitam yang dibuat untuk menghancurkan secara total kelompok politik ini.Komnas Perempuan menemukan bukti yang kuat bahwa perempuan telah menjadi korban kejahatan terhadap kemanusiaan berbasis jender, dalam konteks penyerangan terhadap masyarakat sipil dalam skala masif.