Penghilangan paksa merupakan salah satu kejahatan terhadap kemanusiaan yang terjadi di berbagai negara, termasuk Indonesia. Isu ini menguat dan menjadi perhatian publik di masa berakhirnya Orde Baru 1998, saat para aktivis pro demokrasi hilang serta peristiwa kerusuhan Mei 1998. Meski demikian, penghilangan paksa telah terjadi sejak tahun 1965, berkaitan dengan peristiwa politik yang mengakibatkan pembunuhan dan penghilangan orang-orang yang dituduh komunis, para simpatisan dan pihak-pihak yang dianggap melawan pemerintah. Hal ini terus berlangsung di masa pendudukan operasi militer di Timor Timur pada 1975-1999, penerapan operasi-operasi militer di Aceh pada 1976-2005 hingga situasi konflik di Papua. Tidak ada kepastian jumlah korban penghilangan paksa dari berbagai peristiwa pelanggaran HAM yang terjadi di Indonesia. Meski demikian, Komnas HAM telah melakukan penyelidikan pro justicia terhadap dugaan terjadinya kejahatan kemanusiaan di beberapa peristiwa tersebut dan menemukan praktik-praktik penghilangan paksa. Dari berbagai dugaan peristiwa kejahatan terhadap kemanusiaan tersebut, perempuan juga menjadi korban pelanggaran HAM, termasuk tindakan penghilangan paksa. Dalam kasus penghilangan paksa perempuan dapat menjadi korban langsung yang dihilangkan, dikembalikan, ditemukan kembali atau sebagai keluarga dari korban penghilangan paksa.