Rangkaian kerusuhan di Bulan Mei 1998 banyak memakan korban tak terkecuali perempuan. Perempuan menjadi obyek eksploitasi seksual, pemerkosaan dilakukan secara sistematis hampir di seluruh wilayah Indonesia khususnya Palembang, Solo, Surabaya, Lampung, Medan dan Jakarta.

Masyarakat Anti Kekerasan terhadap Perempuan menginisiasi gerakan Signatory Campaign yang menuntut pertanggungjawaban negara terhadap tindak kekerasan terhadap perempuan dalam kerusuhan Mei 1998. Dalam jangka waktu 2 minggu terkumpul 4000 tandatangan yang terdiri dari pemuka agama, akademisi, aktivis perempuan, tokoh masyarakat, dan pekerja kemanusiaan; baik laki-laki maupun perempuan; dari dalam maupun luar negeri. Secara lengkap tuntutan dalam kampanye tersebut mencakup 1. Investigasi terhadap kerusuhan Mei 1998 mencakup kasus-kasus penyerangan seksual terhadap kaum perempuan; 2. Para pelaku dan penanggungjawab tindak kekerasan terhadap perempuan diadili dan diberi sanksi hukum yang tegas; dan 3. Presiden RI mengutuk perkosaan yang terjadi dan menyatakan maaf kepada para korban dan keluarganya di hadapan publik.

Masyarakat Anti Kekerasan terhadap Perempuan berupaya melakukan audiensi dengan Presiden Habibie sebagai tindak lanjut kampanye dan hasil pengumpulan data korban kekerasan terhadap perempuan. Presiden Habibie didampingi Bapak Sintong Panjaitan (penasehat presiden dalam bidang militer) menerima permintaan audiensi dengan tokoh perempuan diantaranya Ibu Hartarto, Ita F Nadia, Shinta Nuriyah, Saparinah Sadli, Ibu Kuraisin Sumhadi, Ibu Mayling Oey, Mely G. Tan, Kamala Chandrakirana, dan Smita Notosusanto. Diskusi tertutup tersebut akhirnya menyimpulkan pengakuan Presiden atas terjadinya pemerkosaan pada mayoritas etnis Tionghoa pada kerusuhan Mei 1998, berdasar data yang dipaparkan oleh Ibu Ita Nadia. Pada hari yang sama Presiden mengintruksikan tokoh perempuan yang hadir untuk menuliskan pernyataan yang berisi permintaan maaf negara atas tragedi yang disinyalir telah terjadinya perkosaan sistematis yang menimbulkan korban perempuan yang mayoritas berasal dari Etnis Tionghoa. Pada hari yang sama, Presiden Habibie menyampaikan permintaan maaf dalam konferensi pers berdasar surat pernyataan yang dibuat tokoh perempuan.

Presiden Habibie kemudian membentuk Tim Gabungan Pencarian Fakta (TGPF) untuk melakukan penyelidikan terhadap kerusuhan Mei, termasuk dugaan terjadinya perkosaan massal sewaktu peristiwa tersebut. TGPF, yang dalam penyelidikan masalah ini memanfaatkan laporan Tim Relawan untuk Kemanusiaan, setelah penyelidikannya menyimpulkan kebenaran terjadinya peristiwa serangan seksual yang dialami perempuan etnis Tionghoa. Laporan TGPF menyebut, antara lain, terjadinya 92 tindak kekerasan seksual yang terjadi selama kerusuhan Mei tersebut di Jakarta dan sekitarnya, Medan dan Surabaya, yang meliputi 53 tindak perkosaan dengan penganiayaan, 10 penyerangan seksual/penganiayaan, dan 15 pelecehan seksual.

Habibie meminta agar data tersebut dikirimkan ke faksimile pribadi Habibie, dan tidak melewati Setneg. Selain meminta data mengenai perempuan korban, Presiden Habibie juga meminta usulan dari Saparinah Sadli mengenai tindak lanjut kasus perkosaan sistemik tersebut. Saparinah Sadli, memberikan usulan kepada Presiden Habibie untuk membentuk Komisi Nasional yang bergerak dalam isu perempuan di Indonesia. Presiden Habibie, menyetujui pembentukan Komisi Nasional Anti Kekerasan terhadap Perempuan sebagai lembaga yang mandiri dan independen.

Persetujuan pembentukan Komisi Nasional Anti Kekerasan terhadap Perempuan dilegitimasi melalui Keputusan Presiden Nomor 181 Tahun 1998 tentang Komisi Nasional Anti Kekerasan terhadap Perempuan yang disingkat dengan Komnas Perempuan. Komnas Perempuan hadir berkat upaya gigih dari gerakan perempuan memastikan kesediaan negara untuk bertanggung jawab pada persoalan kekerasan terhadap perempuan.

Pelapor Khusus PBB untuk kekerasan terhadap perempuan, Radhika Coomaraswamy untuk membahas kasus-kasus kekerasan seksual Mei’98 maupun yang dialami perempuan Aceh, Papua dan Timor Timur dalam konflik bersenjata. Wisma PKBI, Jakarta

Komnas Perempuan memfasilitasi Lokakarya di Banda Aceh untuk membangun mekanisme kerja lapangan bagi perempuan pekerja kemanusiaan di Aceh, dan Permintaan kepada Muspida Aceh Aceh Tengah untuk memberi perlindungan bagi pekerja kemanusiaan yang bekerja di pengungsian wilayah konflik .

Komnas Perempuan memfasilitasi pertemuan antarpekerja kemanusiaan dari berbagai daerah konflik seperti Aceh, Maluku,Timor Barat, Kalimantan Barat dan Sulawesi Tengah, untuk membahas persoalan yang dihadapi bersama dalam menjalankan tugas-tugas di lapangan.

Komnas Perempuan melakukan Kampanye Perdamaian dan Keadilan Gender. Kegiatan kampanye ini dengan menyelenggarakan beberapa forum diskusi ublic dengan para tokoh pemikir Islam, dan pekerja kemanusiaan di Maluku dan Aceh di bulan November 1999, juga bekerjasama dengan Universitas SyahKuala di Banda Aceh pada bulan Desember 2000

Pengorganisasi Perempuan Kepala Keluarga (Pekka). Komnas Perempuan mulai membuka dialog dengan para pengelola Program Pengembangan Kecamatan (PPK) di Direktorat Pengembangan Masyarakat Desa, Departemen Dalam Negeri. Dialog dimaksudkan untuk menjalin kerjasama memberdayakan perempuan di daerah konflik dan kemiskinan di berbagai pelosok pedesaan di Indonesia.

Bersama Departemen Kehakiman dan HAM, Komnas Perempuan dalam berbagai forum melakukan sosialisasi tentang pendekatan pemulihan psiko-sosial berbasis komunitas tentang situasi pengungsian domestik Aceh di bulan Januari; pemberian bantuan kepada perempuan dan anak.

Komnas Perempuan terlibat dalam penyempurnaan draft RUU Penghapusan Kekerasan Dalam Rumah Tangga.

Komnas Perempuan mulai membangun strategi loby dengan legislatif untuk mendorong penerimaan Legislatif terhadap naskah RUU Anti Kekerasan dalam Rumah Tangga.